Godzilla ve diğer büyük yaratıklar tarafından dünyanın ele geçirilmesinden sonra insanların dünyayı terk etmek zorunda kaldığı bir hikaye üzerinden ilerleyen film 2048 yılında geçmektedir. Yaşam olanaklarının yetersiz olması sebebiyle insanlar bulundukları uzay gemisini de terk edemezler ve daha sonra Haruo adlı birinin dünyaya geri dönerek gezegeni canavarların elinden kurtarma fikriyle insanlık zorlu bir maceraya atılır…
